Андрей Стегниенко родился 16 июля 1970 года в г. Новосибирск. В 1991 году окончил Новосибирский институт народного хозяйства по специальности «экономист». До поступления на службу в таможенные органы работал экономистом во Всесоюзном НИИ молекулярной биологии.
В таможенной службе Андрей Стегниенко начал работать с февраля 1994 года, пройдя путь по карьерной лестнице от инспектора отдела таможенной охраны Новосибирской таможни до заместителя начальника отдела таможенных процедур и таможенного контроля службы организации таможенного контроля Сибирского таможенного управления.
За годы работы А.Ю. Стегниенко был награжден медалями «За усердие», «За службу в таможенных органах» III и II степени, нагрудным знаком "Отличник таможенной службы", Почетной грамотой ГТК России.